若肾结石直径大于0.6cm，通常难以自行排出，患者可以考虑进行手术治疗。但结石的大小并非唯一衡量手术治疗的标准，对于小结石，患者通常可以选择排石治疗。对于直径大于0.6cm的结石，若生长缓慢，未引起腰痛、血尿、感染等症状，或位于肾盏以及憩室内，且未引起明显的危害，则患者可采取非手术治疗。若结石位于无功能的一侧肾脏，未引起明显的积水或梗阻，且对侧肾脏功能良好，也可以采用非手术治疗。

对于直径大于0.6cm的结石，通常应首选体外碎石，若体外碎石效果不佳，患者才需要考虑手术。手术可以选用输尿管软镜或经皮肾镜，对于直径小于2cm的结石，患者可以考虑使用输尿管软镜进行治疗。因为软镜创伤小，患者的身体恢复较快且出血风险较低，对身体的影响较小。但由于软镜较细，碎石较慢，所以清石效率低。而对于较大的结石，如直径大于2cm的结石，患者通常应使用经皮肾镜进行治疗。因为经皮肾镜的通道较宽阔，碎石效率较高，清石也比较快速。目前较少使用腹腔镜切开取石或开放手术，但在特殊的基层地区，仍然可以考虑进行。