克罗恩病主要表现为腹痛、腹泻、营养不良，若患者肠道局部形成肉芽肿或肠粘连，可导致慢性不全肠梗阻，保守治疗治愈可能性较小，应进行手术干预。克罗恩病还可伴腹腔内脓肿形成，因肉芽肿局部穿孔，从而形成腹腔内脓肿，伴随发热、营养不良等表现。

患者易发生肠瘘，此时应进行外科治疗，腹泻、营养不良也可危及患者生命。若克罗恩病迁延不愈、反复发作，可能导致癌变，造成结肠癌或直肠癌，治疗较复杂，预后不佳。