肝功能检查通常无法检查出肝癌，因为肝功能异常并不能反映肝癌。肝癌的检查包括血清甲胎蛋白和肝脏的影像学检查，如彩超、CT和核磁共振检查。甲胎蛋白是肝细胞产生的一种蛋白质，但是约30%的肝癌患者，甲胎蛋白属于正常水平，另外甲胎蛋白高还见于生殖器肿瘤，所以甲胎蛋白的检查只是肝癌的辅助检查手段。
另外还要做肝脏的影像学检查，甲胎蛋白结合影像学检查，才能对肝癌做出诊断。影像学检查包括肝脏彩超、肝脏CT的平扫和增强以及肝脏的核磁平扫和增强。一般检查包括通过化验血清甲胎蛋白和影像学检查，则可以发现早期肝癌。早期的小肝癌，一般单个肝癌在5cm以内，在临床上治疗效果较好。如果肝癌发展到中晚期，治疗手段受到限制，且疗效也不理想。所以对于肝癌的高危人群，需做肝癌的筛查工作，包括甲胎蛋白的检测和肝脏彩超的检查。通过定期行肝癌的筛查，可以发现早期的小肝癌，获得比较好的治疗效果。
