手术治疗是有创操作，多数具有风险，对于心脏瓣膜的手术风险，需根据患者术前情况分析。如果患者出现瓣膜疾病，但术前没有心功能不全、未合并严重并发症，则瓣膜手术风险较低，死亡率＜1%。如果患者术前已出现心脏增大、脑梗、栓塞等疾病，此时进行手术风险则会增加。
并且心脏瓣膜手术的风险，与手术中处理瓣膜数量有关，如单纯二尖瓣或单纯主动脉瓣成形或置换，需要处理2-3个瓣膜，通常需要处理瓣膜越多，手术风险越大。临床常出现感染性心内膜炎患者，由于细菌作用，导致侵犯主动脉瓣、瓣膜瓣环，甚至有钙化瓣膜组织侵犯到心肌。因此，手术中需要仔细清除钙化组织，但会导致瓣环质量变差、薄弱。所以手术时需要用心包片或人工组织重建主动脉瓣环，但会增加手术风险。
