小便特别臭的原因，和日常生活中某些食品放过保质期变臭的原理差不多，最常见的原因是泌尿系出现感染。
当出现感染的时候，往往就像大肠杆菌、金黄色葡萄球菌或者变形杆菌入侵到尿道，然后沿着尿道爬到膀胱的话，就会使整个尿路上皮充血、水肿、肿胀，而这些脱落的上皮黏膜，其实就是蛋白质再混上尿液中的细菌，以及尿中的代谢废物，就会让小便出现发臭的现象。
甚至很多患者都有尿频、尿急、尿痛的膀胱三联征，要做尿常规检测确诊，看尿常规里是否有大量白细胞上升，如果有明确的白细胞上升，就可以明确诊断为泌尿系感染。
在临床中，小便特别臭还有两个临床特点，第一是糖尿病，糖尿病患者免疫力低，小便变臭的概率更高。第二是对于常年卧床，有排尿困难，尤其是残余尿多或者长期留置尿管的患者，小便也特别容易发臭。
