临床上气管镜其中的一个重要作用为明确感染原因，对于支气管、气管内膜结核，气管镜是一种较好的诊断方法，但反过来讲，并非做气管镜即能诊断所有结核、肺结核，也有很多结核，需要通过多种手段综合判断是否为肺结核。如果是支气管内的内膜结核，在支气管镜直视下可以看到内膜符合结核的病变，如干酪样坏死，黏膜的变化等。另外，在病变部位可以取活检送病理，从病理角度证实是否符合肺结核的病理学改变。在病变部位可以收集肺泡灌洗液，也可以做病原学培养，如结核分枝杆菌培养，做结核分枝杆菌的耐药，抗酸的染色，甚至做基因检测，以从基因诊断是否为肺结核。
