肛瘘手术的住院时间需根据肛瘘的复杂程度决定，一般情况下住院1周，但有一些低位单纯性小肛瘘也可以2、3天出院。有一些高位复杂性肛瘘可以延长到10天左右。

肛瘘术后要住院，如果有明显的炎症要注射抗生素，手术医生每天要观察创面换药，一般出院的标准是创面里面没有明显的炎性组织，没有坏死组织，肉芽比较新鲜，一般就会让病人出院。

但是出院以后不可以马上工作，还要在家休息，需保证局部创面透气，还要在家每天换药。一般出院隔几天以后还要到医院复查，主管大夫会根据创面情况指导进一步护理，如果必要的时候可能还需要创面的再次修整。