现在肠道菌群检测是一个比较困难的项目，因为肠道菌群的大多数是厌氧菌，所以可用以下方法检测：

1、医院内大便常规检查，进行大便菌群的初筛；

2、更高级的检查，即对大便进行基因检测，可较好检测肠道菌群，属于一种较先进的方法；

3、在患者空肠或回肠末端取到分泌物，去做肠道菌群检测，此方法较科学，受外界的影响比较少，但有一定困难。