在传统的治疗方法中，一般采用冷冻治疗、激光治疗、电灼治疗去除肉眼可见的疣体。近年光动力治疗是很好的治疗方法，不仅可以去除小的疣体，而且可以去除潜在的病毒感染。在疣体去除后，可以外用咪喹莫特软膏、干扰素软膏等去除潜伏的病灶，防止尖锐湿疣的复发。另外，对于免疫力低下的患者，可以口服胸腺肽，转移因子等提高免疫力的药物，增强机体的免疫功能对抗病毒，减少疾病的复发。对于单个较大的疣体，也可以采用手术治疗去除疣体。尖锐湿疣的治疗根据患者不同的病情数目和大小，采用不同的方法联合治疗，能取得更好的效果。