经常熬夜会导致生物钟或生物节奏紊乱，可能导致神经和内分泌功能的失调，进而影响性功能。经常熬夜可能导致激素分泌异常，尤其影响睾酮等性激素的分泌，而睾酮是影响男性性欲望和性功能的重要激素，其分泌主要在夜间睡眠中进行，缺乏充足睡眠，可能会导致性欲减退、勃起功能障碍等问题。经常熬夜可能会引起或加剧性功能障碍，如勃起功能障碍、早泄等。

经常熬夜还可能会引起心理压力、精神疲劳，这些因素也会影响性功能。除直接影响性功能外，长期熬夜还会影响整体的生理健康，如心血管疾病、消化功能、免疫力等等，这些健康问题也可能间接影响性功能。