自然流产完全流干净最长大概需要两周左右，一般自然流产一周左右就应该流干净，但是还会有一段时间的出血，最长不超过两周。如果两周仍然有持续的阴道出血，甚至出血量增多的现象，一定要到医院就诊来查找原因。

自然流产与人工流产不同，自然流产是胚胎自行排出，宫腔内的蜕膜组织随着子宫收缩逐渐排出，而人工流产手术是用负压吸引器将胚胎吸出，同时进行宫腔搔刮的手术操作，所以人工流产手术做的比较彻底，宫腔也比较干净，术后出血的时间相对较短。而自然流产通过胚胎的自行排出，子宫壁的蜕膜组织也要随着子宫的收缩以及宫腔内的出血逐渐排出，大约需要1-2周的时间。

建议在流产后的两周进行常规的超声检查，目的是看宫腔内是否完全流干净，有没有胚胎或者蜕膜组织的残留。如果有残留，可能还需要进一步的药物或者手术清宫治疗，才能保证宫腔完全流产干净。