普通肠镜检查有时对于小肠病变是鞭长莫及，但胶囊内镜能观察到整个小肠病变情况，能够填补普通胃肠镜检查盲区。胶囊内镜是小肠疾病第一线诊断工具，对于胃镜及结肠镜检查阴性，但腹部症状仍持续存在的情况，有助于明确病因。

此外，对于需要食管内镜检查，但不愿意接受或不能够耐受胃食管镜检查者，以及对于需要接受结肠镜检查，但不能耐受或条件不允许者，还有对于结肠镜无法到达回盲瓣，但同时无消化道梗阻者，或是普通人群消化道病变筛查，亦可行胶囊内镜检查。