先天性耳瘘管发炎，需要进行局部消毒，可以用酒精或碘伏消毒。如果酒精比较刺痛，可以使用碘伏。除了局部消毒，口服敏感的抗生素也可以有效缓解炎症。
一般耳瘘管感染组合还是革兰氏阳性菌的感染，所以使用的药物包括青霉素、头孢、阿奇霉素、克林霉素。如果感染形成脓肿，需要进行切开排脓，注意避开面神经走行位置，切口要开得大，彻底排出脓液。
排出来以后，每天放置一个橡皮引流管，促进脓液的引流。如果不放置引流管，切开的口可能会在第二天或第三天长上，需要再次切开。所以需要每天或隔天换药，引出脓液，放置引流管。
当脓液完全排出，炎症完全控制。2-3周后，可以进行手术治疗，彻底切除耳前瘘管。需要注意手术有一定技巧，建议在有资质的医院进行治疗，以免手术不彻底而导致复发，否则后患无穷。因为耳前瘘管可能跟树根一样，会到处长芽，必须把每一个小树根都取出来，术后才不容易复发。
