头颅磁共振(MRI)在磁共振检查中是应用最多的一项，因为头颅磁共振相对头颅CT有较多优势，具体如下：
1、脑干、小脑因为颅骨干扰，CT扫描效果不好，但是磁共振没有骨骼干扰，小脑和脑干显示非常清晰，容易发现病变；
2、头颅磁共振可以早期发现脑梗死，CT检查时脑梗死发病24小时后才有信号改变，但是头颅磁共振在发病6小时后就可以明确看到信号改变；
3、头颅磁共振容易区分脑梗死病灶是新鲜还是陈旧，CT不容易鉴别，如果在磁共振弥散加权图像上看到明显高信号，说明是新鲜脑梗死；
4、诊断脑炎类疾病，磁共振明显较CT有优势，可以更容易发现病变，并清楚显示病变范围；
5、磁共振更容易发现颅骨下方小肿瘤，CT因为颅骨干扰，小肿瘤容易漏诊。