扁平疣最简单的治疗方法为冷冻、激光等破坏性的方法。但是这种方法往往对皮肤的损伤较大，可以导致皮肤炎症，或者治疗以后色素沉着。首选中药治疗，可以通过内服外洗，从内部提高自身免疫力。因中药也有抗病毒作用，往往可以治疗的更彻底。

扁平疣一般都长在脸上，也有的长在手背上，多发，有大有小，也有些亚临床症状，往往需要多次治疗。增生扁平丘疹年轻人多见，部分患者不易治愈。