肾囊肿手术目前主要的术式是腹腔镜肾囊肿去顶减压术，这种术式创伤小、恢复快、并发症少，一般患者没有特殊的遗留问题，最主要的可能有少数患者会有伤口的不适感。尽管没有特别的并发问题，但并非绝对没问题，仍然存在一些可能的并发症。当然，这种并发症发生的概率微乎其微。分析如下：

1、出血：肾囊肿手术大多数情况下安全有效，但是出血仅见于少数特殊部位的肾囊肿，比如囊肿位于肾门附近，在处理过程中会造成肾静脉血管损伤出血。这类出血通过腔镜下的处理，多数都能够止血。但是也有出血量较多的情况，必要时要行传统的开刀手术来进行处理；

2、尿漏：尿漏发生的原因一个是集合系统和囊肿相通，在术前未能够发现，还有就是由手术创伤所致，导致囊肿和集合系统相通。有的时候引流管放置位置不当，压迫到局部，引起缺血、坏死，也可以引起囊肿与集合系统相通。这种情况下，通常都要保留较长时间的引流管，必要时留置双J管，充分让肾盂处于一种低压状态。手术过程当中，应当注意轻柔操作，因为存在损伤周围脏器的风险。在右侧最可能损伤的是肝脏和十二指肠，而在左侧最可能损伤的是脾脏以及胰尾、结肠。损伤这些器官以后，就可能导致相应的并发症发生。