牛黄含使黏膜组织愈合成分，因此牛黄上清丸可以治疗口腔溃疡。但对于难治性口腔溃疡或刺激性、创伤性口腔溃疡，单纯使用牛黄上清丸无法得到有效治疗。因此需要进行综合治疗，口服牛黄上清丸同时，应对口腔溃疡病因进行分析。

如果由于创伤性因素导致，如口内牙齿有锐尖或锋利残冠等，需将残冠以及锋利的锐尖调磨，可以用火焰钻对牙齿进行相应调颌，将锐尖角全部去除，不会再摩擦口腔黏膜，溃疡即可较好愈合，对于较锋利的残根需拔除残根。如果是精神因素或者其他相关因素造成溃疡，需调节患者精神并治疗相关基础疾病，才可将口腔溃疡治愈。