细菌性尿道炎的治疗，往往是以抗生素治疗为主。在治疗药物的选择上面，推荐头孢类抗生素，也可以选择喹诺酮类抗生素。细菌性尿道炎可以由普通细菌感染引起，比如大肠埃希菌、葡萄球菌、链球菌等，也可以由特异性细菌引起，比如奈瑟氏菌，即淋球菌性尿道炎。对于这类尿道炎，男性表现为排尿刺激症状和尿道分泌物，寻找具体的病原体，可以通过分泌物的涂片等检查明确。

如果炎症波及到后尿道，患者可能会出现排尿梗阻症状，严重的时候会出现急性尿潴留。细菌感染也可能影响到周围器官，比如前列腺、精囊。要求患者多饮水，注意休息，避免劳累，避免辛辣刺激食物以及酒精类饮料的摄入。暂停性生活，必要的时候性伴侣也进行治疗，处理好自己的衣物、被褥等随身物品，避免形成交叉感染。