目前无充分证据证明服用益生菌可治疗口腔溃疡，所以在不明确的情况下，不建议盲目服用益生菌来治疗口腔溃疡。

口腔或肠道内存在很多细菌，这些细菌中存在有害细菌，也存在有益细菌。有益菌和有害菌处于平衡状态，和平共处，即为共存状态。近年研究发现，益生菌对很多疾病有一定作用，如溃疡性结肠炎，其致病原因尚不明确。但若将正常人的肠道菌群移植过去，会得到较好治疗效果。

口腔溃疡并不是由细菌或微生物感染造成的疾病，其病因非常复杂。益生菌可能可以改变口腔环境，服用益生菌后，可改变肠道的菌群环境。