超声对胎儿的软组织疾病的观察比较困难，软组织疾病是指皮肤及皮下的包块，包括胎儿的胎记以及血管瘤。超声上没有办法观察到，也需要做畸形筛查，比如做系统超声检查前，给孕妇进行有效的沟通，告知哪些区域是盲区，并且要签订患者知情同意书，让患者充分理解到问题。

而无脑儿、严重的胸腹壁缺损、严重的脑膨出、开放性的脊柱裂、单心腔、致死性软骨发育不全、先天性的唇腭裂，还有心脏问题，如心脏的大动脉转位、严重的法洛四联征等情况超声上能够观察到。