卵巢囊肿和多囊卵巢是完全不同的两个疾病，所以对女性的影响没有办法来比较哪个更严重。

1、卵巢囊肿：卵巢囊肿对女性的影响主要在于本身属于增生性疾病，囊肿的性质有可能是良性，也可能是恶性。如果是良性，因为囊肿的存在，囊肿体积过大有可能会导致一侧卵巢在急剧活动的时候出现卵巢扭转。如果是恶性即卵巢癌，卵巢癌和任何一种癌症一样，对女性的健康会造成严重影响，而且卵巢癌不容易被早期发现，一旦发现容易已经到晚期，所以会出现各种远处和近处转移等一系列问题，甚至威胁到女性的生命；

2、多囊卵巢：多囊卵巢是以女性的月经改变，不排卵、不怀孕，加上代谢相关的问题为主要临床表现。不怀孕可以通过诱导排卵、促排卵的方式帮助解决，代谢问题可以通过改变生活方式，使用药物来解决。多囊卵巢是一个长期慢性持续存在的状态，只要治疗合理，对于女性的健康不会造成威胁。