肠道间质瘤的严重程度需根据患者瘤体体积进行判断，若患者瘤体较大，则病情较重。若患者为小间质瘤，病情较轻，尽早发现，积极治疗，可完全治愈。部分患者无明显临床症状，随瘤体增大可引发病情加重，从而导致出血、肿瘤播散性转移等，严重可危及患者生命。

若肿瘤集中在局部，相对症状较轻。若瘤体呈现播散性或广泛转移，患者病情较重，此时手术困难且术后并发症较多。若患者无大出血且身体情况较好，可选择伊马替尼进行治疗，效果较理想。