假丝酵母菌属于条件致病菌，一般在免疫功能受损时才会感染。一般感染可以来自内源性感染，也可以来自外源的感染。具体如下：
1、内源性感染：内源性感染一般多来自体内正常寄生的细菌，正常状态下口腔、皮肤黏膜、阴道、肠道以及泌尿系统，都可能会寄生假丝酵母菌。如果免疫功能受损时，这些细菌可能就会乘虚而入引起感染；
2、外源性感染：外源性假丝酵母菌，可以存在食物、水源以及空气中，可以引起感染。
一般假丝酵母菌的感染，可以引起浅部的真菌感染，也可以引起深部的感染。浅部的感染多见于皮肤黏膜、指甲以及消化道的黏膜表面、泌尿系统的黏膜表面；深度的感染多见于各种脏器的感染，如肺部、肠道以及腹膜的感染。
另外也可以引起全身播散性感染，引起全身各系统的感染，也可以进入到血液循环引起败血症。真菌的败血症病死率相来说对比较高，如果引起全身的播散性感染，一般治疗难度比较大，有一定的病死率。
