梗阻性心肌病的治疗分为内科治疗和外科治疗，内科治疗又分为药物治疗和介入治疗。药物治疗以β受体阻滞剂为主，可减少心肌收缩力，避免梗阻。药物治疗效果不佳时，可考虑内科介入治疗。内科介入治疗又分为射频消融和无水酒精局部注入，使局部肥厚梗阻的心肌萎缩，创伤很小。

如果通过以上方法治疗后，患者心脏梗阻压差仍然大于50mmHg，则考虑进行心脏外科手术，将肥厚梗阻的心肌切除。但是手术风险较大，不到万不得已，不建议手术治疗。