乳酸菌和益生菌是两种不同命名方式的菌群。乳酸菌是以细菌代谢之后是否产生乳酸来命名，细菌将葡萄糖或者乳糖代谢，可产生乳酸，这类细菌就称为乳酸菌。益生菌取决于它是否对人体有好处或有致病作用等角度来命名，把人体肠道内存在的对于人体正常食物、药物代谢有作用的有益细菌称为益生菌。

很多乳酸菌本身就是益生菌，比如双歧杆菌或者肠链球菌，它们是乳酸菌，能代谢生成乳酸，同时对人体而言较为有益，是必不可少的共生的有益菌，也是益生菌。

目前市面上看到的活菌制剂多由益生菌组成，其中就有不少乳酸菌，比如双歧杆菌、肠链球菌等。