不明原因的发热原因比较复杂。急性发热原因以感染性疾病为常见，从感染部位分类，有呼吸道感染、泌尿系感染、肠道感染，这三个是最常见的社区获得性感染，其它还包括皮肤软组织感染、骨关节感染和血流感染。从导致感染的病原体角度，包括细菌感染、病毒感染、及不典型病原体感染等。此外，非感染因素，比如中暑、中毒、手术、创伤都可以引起不同程度的发热。对于急性感染性发热的患者，通常需要完善血常规、C-反应蛋白、还有尿常规、胸片或者胸部CT，必要时还要做腹部B超，查找感染部位，评估可能引起感染的病原体。

发热还有更复杂的原因，比如如果发热持续3周以上，体温多次＞38℃，或者在一天内体温波动＞1.2℃，而且经过较多检查不能确诊，这种称为发热待查，其病因非常复杂。包括感染性疾病，如病毒、细菌、不典型病原体、真菌、结核等，还包括结缔组织病，如狼疮、系统性血管炎等。还有肿瘤性疾病，包括血液系统肿瘤和实体肿瘤。还有一些其他原因，包括药物热、周期热、溶血等。发热待查的病因需要结合病情分层检查，通常先进行血常规、尿常规、C-反应蛋白、血沉、生化、血培养，以及其他的病原学检查，还要做自身抗体相关的检查、甲状腺功能检查、肿瘤相关的筛查，还有HIV梅毒筛查等。同时还需要对患者的免疫功能进行评估，行腹部和胸部的检查，以及浅表淋巴结的超声。

如果以上检查还不能确诊，一些患者是需要做PET-CT扫描和淋巴结活检的侵入性操作。由于病情的复杂和动态变化，如上述的这部分检查可能需要重复地进行。需要强调的是，对于发热待查系统的病史采集和体格检查，对诊断疾病也非常重要，不能单纯的以某种检查或者是某些检查来代替身体不明原因的发热，首先是要及时就医，由专业的医生进行诊治。