原发性肝细胞癌目前可分为四级，一般使用Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ表示，且不同级别肿瘤分化程度、恶性程度不同。原发性肝细胞癌Ⅰ级、Ⅱ级属于分化程度较好，也可认为是恶性程度偏低。原发性肝细胞癌Ⅲ级、Ⅳ级属于恶性程度偏高，预后较差。

此外，原发性肝细胞癌还需结合微血管浸润情况，如果患者存在血管浸润，则称为M0级，因其不易出现肝内转移，所以肝癌手术切除后，复发率较低。M1级则提示预后不良，即使做过根治性切除，但将来肝内也较易再次出现新复发灶。