小儿便秘主要指排便次数减少、粪便量减少、粪便干结、排便费力困难等。如果超过6个月，即为慢性便秘。便秘从病因上可分为器质性和功能性两类。儿童便秘主要是功能性便秘，食物进入消化道经消化道消化吸收之后的残留物、肠道细菌及胆道排泄物形成大便，食物的种类、量、小儿肠道的吸收能力、肠道运动速度均影响大便的颜色、性质和量。正常婴幼儿从食物进入消化道至粪便排出的时间，母乳喂养的婴儿平均13个小时，人工喂养平均为15小时，成人平均18-24小时。
婴幼儿便秘多数为功能性便秘或故意不解大便，占90%-95%。大半起因与父母急于训练婴儿大小便习惯所造成，同样问题可重复出现。一开始可能是由于反抗大小便训练，后来由于大便变硬、解便会痛，于是变成怕痛不解，越不解越积越多，形成恶性循环。后遗症造成腹痛、肛裂、肛门流血，腹压太高压迫到尿道，引起泌尿系感染或大便失禁。