克林霉素甲硝唑通常在临床上使用的是它的外用搽剂，主要用于皮肤的感染，副作用也主要是表现在局部。比如有可能导致患者出现皮肤刺激感、皮肤瘙痒，甚至严重的患者可能会出现红肿，但发生的概率并不高，仅在个别的患者中出现。如果出现这些情况建议患者及时停止使用，并且将局部的药物洗净，严重时应该向医生进行咨询。

另外克林霉素甲硝唑外用的搽剂不能够涂抹于眼部以及皮肤破溃的严重处和黏膜组织，对于孕妇、哺乳期妇女也不推荐使用，因为它对这方面特殊人群的研究，还是有一定的局限性。总之克林霉素甲硝唑外用制剂的副作用主要表现在局部，通常没有全身的副作用。