大部分肾结石可以采取碎石治疗，常用的碎石能量称为冲击波，是利用冲击波原理，将能量传递到肾内密度较高的结石上，将结石粉碎。但是体积偏大或肾结石合并肾脏积水，肾内可能有感染，或同侧肾结石在下端还有输尿管结石，这时需先做输尿管结石的碎石，不能先处理肾脏，否则可能加重堵塞，并不能解决病痛。
所以针对大部分肾结石，需根据结石大小、位置，包括从CT上预判硬度，还需观察患者是否继发肾积水或感染、中毒，综合判断是否能做体外冲击波碎石。做碎石之后需关注结石的排出，结石排出属于疼痛过程，可口服α受体阻滞剂，代表性药物如坦索罗辛。另外碎石需讲究间隔，一般在间隔1周后才能安排做第2次碎石，否则容易加重结石周围组织损伤。
