鞍上池下疝通常会导致一定程度的颅内压增高，多数难以彻底自愈。由于鞍膈孔的增大、增宽以及幕上脑脊液压力不断冲击，使脑脊液冲击下的鞍上蛛网膜疝入到鞍内，从而形成鞍上池下疝。在此基础上会继发垂体萎缩及受压变扁，使垂体贴附在鞍底。上述症状可能会进行性发展，临床上较难自愈。

部分鞍上池下疝继发于垂体肿瘤等治疗过程中，如较大的垂体泌乳素腺瘤，在进行药物治疗或手术治疗后病变明显萎缩，此前被垂体瘤撑开的鞍膈孔无法恢复到原有位置，而垂体萎缩到鞍内，可以引起鞍上池蛛网膜及脑脊液进入鞍内难以自愈。但若上述疾病并未引起患者出现明显的头痛、视野缺失或垂体功能受到影响，则无需进行治疗。