胃肠道是氨产生很重要的场所，胃幽门螺杆菌也会产生氨，肠上皮细胞在代谢氨基酸时也会有氨产生，此外还有大量氨是在结肠产生。上述地方的细菌对氮源进行分解时，都会产生较多氨。氨产生以后，又通过循环在肝脏门静脉系统进行代谢，通过肝脏代谢，大多数氨都会被合成对身体无害的尿素而排出。

但是当肝脏功能受到影响时，出现氨的代谢问题，对身体造成干扰，即血氨可能会对中枢神经系统等造成影响。所以在肝性脑病发生过程中，氨中毒是一个重要的原因，降低血氨也是处理肝心脑病一个很重要的方面。