朗格汉斯细胞组织细胞增生症鉴别诊断较重要，因多系统、多部位受损，如骨受损，应与各种骨肿瘤、外伤或骨髓炎鉴别。单部位骨损病理提示朗格汉斯细胞，应给予消炎处理。多部位骨损时要做基因测序，发现基因突变除病理诊断朗格汉斯外，还应精准诊断，给予相应治疗，避免复发。

反复呼吸道感染、肺损伤、出现肺大泡时应与各种肺炎鉴别；多饮、多尿需与尿崩鉴别；反复皮疹应与湿疹鉴别。朗格汉湿疹反复迁延不愈，出生即携带，无法控制，此时不能单纯依据有无湿疹、骨损、内脏受损及多饮、多尿判断，应综合检查。所以多部位受损、反复迁延不愈应考虑朗格汉斯细胞组织细胞增生症，注意避免误诊。