单纯先天隐性脊柱裂不需要特殊治疗。其会有腰背肌疲劳，这些症状可以通过锻炼、休息来得到缓解或改善。如果先天性脊柱裂合并脊髓栓系，产生症状如马蹄内翻足或大小便功能障碍或肌肉萎缩，这些都需要手术治疗，通过解决脊髓栓系来达到治疗效果。脊髓栓系可能合并先天性脊柱裂或不合并先天性脊柱裂，可能会有外在表现，如局部腰骶毛发增生、小凹形成或有返祖现象，这些情况提示椎管里可能会有隐性脊柱裂或先天脊柱脊髓发育异常。在病人比较小时，尤其出生以后要注意这些情况，从而能够得到很好的临床治疗。

脊髓栓系通常分为单纯性脊髓栓系或合并脊膜膨出和脂肪瘤，治疗方式也不同。单纯性脊髓栓系通常终丝受到牵拉或粘连，手术会比较简单，可能会用微创的很小切口，如2-3cm的小切口把终丝进行辨认切断，可以达到很好的临床治愈。但如果合并脂肪瘤、先天肿瘤或有脊膜膨出，通常会切除终丝脂肪瘤或把脊膜膨出进行还纳，进行神经根松解，不仅要切除终丝，还要进行神经根粘连松解，达到很好的脊髓栓系松解。