膀胱癌灌注时会使用化疗药物，但由于药物在膀胱内贮存时间较短，不会产生如同注射或口服化疗药物的全身副作用。但化疗药物膀胱灌注需插导尿管，在插导尿管的过程中可能会造成尿道损伤。男性患者还可能出现尿道膜部损伤，导致患者排尿困难。

化疗药物还可以对膀胱黏膜，尤其三角区黏膜造成恶性刺激，患者会出现尿频、尿急、尿疼等症状，无法坚持进行化疗。此时对于患者可以使用M受体阻滞剂，从而缓解尿路刺激的症状。并且在进行灌药前，医生需要嘱患者将膀胱排空，从而增加化疗药物在膀胱内的停留时间，可以起到更好的作用。