流行性脑脊髓膜炎，主要针对脑炎双球菌治疗的抗菌首选药物，一般首选青霉素，青霉素对于脑膜炎双球菌一直保持较高的敏感性。所以目前如果还有流行性脑脊髓膜炎的存在，首选的药物仍然还是选择青霉素。

一般可以应用静脉的青霉素治疗，但治疗流行性脑脊髓膜炎，通常需要加大青霉素的剂量，因为青霉素本身不太容易透过血-脑屏障。但如果有炎症的情况下，青霉素寻找屏障的通过率会增加，但通常需要加大浓度治疗流行性脑脊髓膜炎。

一般疗程相对不是很长，大约1周的时间，脑膜炎双球菌就可以被控制。但具体的疗程，还要结合患者的具体情况。如果本身对青霉素过敏，还可以选择三代头孢。

三代头孢一般首选头孢曲松或者头孢噻肟，上述两类的三代头孢对于血-脑屏障的通过率较高，所以可以选择上述两类头孢药物进行治疗。

但对于头孢曲松，常规情况下用于其他部位的感染，一般一天可以选择一次。但如果是用于流行性脑脊髓膜炎、中枢神经系统感染，一般需要一天应用两次，此点与其他部位感染有所区别。