自闭症常有注意力不集中、活动过多、动作刻板古怪等临床表现，因此也常会误认为是多动症。多动症和自闭症之间差别比较明显，自闭症发病率远低于多动症，在千名儿童当中，发病也不过只有2-3个，而且男性比女性多，症状显现相对比较早。自闭症患儿从小与父母之间没有明显亲近表现，缺乏情感交往，喜欢独处，不合群，言语也比较少，对部分非生物东西有着特殊依恋。患儿在语言相对较呆板，吐字不清，甚至不会说话，动作刻板离奇，而且经常会反复重复动作，比如嘴巴抽动、耸肩等，对外界刺激也比较麻木，一般不听劝说，上述特征和多动症也有着较大区别。

自闭症患儿智力明显低下，而多动症儿童智力基本上正常或者稍微偏低。治疗方面，一般多动症儿童选择多动症药物，治疗后症状会有得到明显改善，而自闭症儿童选用多动症药物无效，这一点也可以用于两者鉴别。自闭症可能会发展为严重精神障碍，类似精神分裂症，而多动症儿童虽然可能合并部分精神方面异常，但一般不会发展到精神分裂症的严重程度。