新型冠状病毒感染时会引起扁桃体肿大，通常是继发性肿大。新型冠状病毒侵入人体时，是从鼻腔、咽腔感染后，往下行进入气管和肺，从而扩散至全身。由于扁桃体在咽腔，因此感染咽腔时，首先侵入咽腔黏膜和扁桃体滤泡，感染后会引起继发性扁桃体炎，同时病毒本身也会引起扁桃体发炎，因此部分病人会出现咽腔扁桃体肿大，但并非所有病人。
患者既往有慢性咽炎、慢性扁桃体炎等疾病，简单的病毒感染则会诱发扁桃体发炎，此类患者感染新型冠状病毒时一定会出现扁桃体发炎。另外部分患者是全身炎症综合征，即出现大白肺、呼吸困难、呼吸衰竭等情况，此类患者扁桃体大多数也会出现时间性肿大，但也不绝对。若部分患者平常抵抗力较强，感染后属于无症状感染者，嗓子、鼻子未见不适，此类患者即便感染，扁桃体、咽腔也不会出现发炎及不适。
