复发性口腔溃疡目前为止不能根治，因复发性口腔溃疡为一个多因素疾病，不可能根治。复发性口腔溃疡遗传因素不能控制，即使控制一个因素，如控制饮食因素，可能还有精神因素、劳累、内分泌作用等很多不能控制的因素，故无法根治。对于复发性口腔溃疡，还存在局部治疗和全身治疗。局部治疗即抹药，目的为促进溃疡愈合和减轻疼痛，促进愈合即缩短溃疡愈合时间。

全身治疗即口服用药，口服药除可促进溃疡愈合，还可拉长溃疡发作的间歇期。如果患者三个月长一次溃疡，无需服用药物。若部分患者溃疡此起彼伏，可口服药物进行复发性口腔溃疡的治疗，但只可减轻发作频率。如从一个星期出现一次，变成一个月一次或更长时间出现一次。无特效药可根治溃疡，仅可起到缓解作用。