克罗恩肛瘘通常是指克罗恩病和肛瘘，一般建议先保守治疗克罗恩病，如果克罗恩病控制以后肛瘘还没有愈合，再进行肛瘘的手术。肛瘘的病因在克罗恩病，是一个特殊的病因。肛瘘最常见的是肛肠腺感染引起的克罗恩病，是一种免疫性的疾病，可以发生在口腔到肛管肠道的胃肠道任何部位。
克罗恩病是在肠道会出现比较深的溃疡，可以穿破肠壁的全层，在肛门周围也可以出现穿破以后，破溃形成肛瘘。这种肛瘘的治疗相对普通的肛瘘更困难，因为有克罗恩病本身的病因的存在。克罗恩病需要用激素或者是用免疫抑制剂进行治疗。如果已经形成克罗恩病引起的肛瘘，可以先针对克罗恩病进行治疗，即可以先用激素或免疫抑制剂，同时给予一些抗感染的药物。
通过克罗恩病的免疫治疗，克罗恩病被控制以后，肛瘘也可能会好转或者是达到一个痊愈的状态。当然痊愈相对比较困难，但是如果病因不解除，也就是克罗恩病没有控制，单纯做肛瘘，手术效果可能不好。因为这种肛瘘一般也是一个高位肛瘘，很可能会影响到括约肌的功能。另外，在做手术以后，因为有克罗恩病本身病因的存在，愈合期可能会延长，手术效果、预后可能会不好。
