单心室治愈非常困难，因单心室手术矫治较困难，只有均衡型单心室或者不定型单心室患者才有机会进行单心室分隔术，即通过人造室间隔将左右心室分开，形成独立的左心室和右心室。

即使手术较成功，由于两个心室压力不同，在分隔以后患者也会有各种问题。所以单心室治愈较困难，只有少部分患者有机会完成手术，或者只有少部分患者适合单心室分割术。

即使进行单心室分隔术，只有部分患者能顺利恢复。绝大多数单心室患者均只能进行姑息性的手术，即将回心的腔静脉血直接引流到肺动脉，而由肺静脉回流的血通过残留心室供应全身。因此大多数患者不能进行根治手术。