女性尿尿时阴道痛的常见原因包括以下几种：

1、尿道炎：排尿时尿道口和阴道紧密相连，由于女性特殊的解剖结构，尿道开口和阴道，甚至离肛门都不远。所以周边常见的致病菌，如大肠杆菌、金黄色葡萄球菌和变形杆菌容易趁虚而入，导致尿路发炎、感染，整个尿道黏膜充血、水肿，离较近的阴道通常会有轻微红肿，所以排尿时会造成疼痛感。这时可以做尿常规检测，如果尿中有大量白细胞，可以明确诊断，先按照泌尿系感染治疗，如使用喹诺酮类抗生素进行治疗；

2、阴道炎：女性的妇科感染，比如阴道炎、宫腔炎，这也是女性常见的一些疾病。出现上述炎症后，由于阴道、尿道距离较近，所以会有联动的反应。所以如果按照泌尿系感染治疗不佳，或者按照妇科感染治疗不佳，建议进行泌尿科和妇产科联合会诊，查看是否由合并感染导致。