通常宫腔镜探查术同时进行清宫，对子宫的伤害较小。因为在宫腔镜直视下，子宫内膜何处有增厚、息肉、息肉样增生，可以看清，从而在直视下，有针对性地对上述病变进行处理。在宫腔镜诞生前，清宫均为盲刮，是依靠医生刮宫的感觉进行搔刮，对子宫内膜的伤害较大。因为有可能对正常的子宫内膜部位也进行清宫处理，所以宫腔镜直视下清宫对子宫的伤害比盲刮小。
在宫腔镜手术的过程中也会有副作用，因为在做宫腔镜手术的过程中需要用水对宫腔进行膨胀，用生理盐水充满宫腔，以保证宫腔镜的直视作用。在膨宫的过程中，由于手术时间较长、水的压力较大等，进入到母体的血液循环，从而导致水中毒，形成肺水肿或心衰等严重并发症。因此建议到有宫腔镜手术经验的医院或隶属医院进行宫腔镜清宫手术，以尽量避免术中不必要的损伤。
