小儿晨起阵发性咳嗽，要考虑是支气管炎、鼻炎、鼻窦炎、慢性咽炎、肺炎、咳嗽变异性哮喘或哮喘早期表现等导致的。需要就医进一步检查诊断以及鉴别诊断。

如果是过敏性因素，比如过敏性鼻炎引起的晨咳就要使用药物喷鼻以及抗过敏治疗；过敏性哮喘或者咳嗽变异性哮喘要在缓解期吸入药物，减轻气道高反应性，可以缓解气道咳嗽症状，同时进行抗过敏治疗。对于慢性鼻炎或鼻窦炎引起的晨咳，需要耳鼻喉科医生进行相应治疗，比如鼻腔吸引、灌洗以及鼻部特殊局部治疗。