睑结膜炎要用抗菌素的滴眼液，代表药有妥布霉素滴眼液、夫西地酸滴眼液，抗病毒的眼药水，代表药是更昔洛韦眼用凝胶。针对病原体使用眼药水后，还可以使用眼表修复剂，如碱性成纤维细胞生长因子滴眼液、表皮细胞生长因子滴眼液以修复结膜上皮细胞，促进上皮细胞增殖，完整、恢复结膜上皮细胞的屏障，减少感染、缓解症状。
睑结膜炎包括眼睑和结膜两个部位的炎症，眼睑皮肤的炎症推荐使用眼药膏，如妥布霉素眼用凝胶、左氧氟沙星眼用凝胶。这些眼药不但可以滴到眼睛表面，而且可以外敷到眼睑的皮肤上。但需注意眼药膏在使用时，在眼睑皮肤上和滴用眼睛内的药膏需分开，即要使用两支眼药膏。不能同时一支眼药膏既用到皮肤上，又用到眼睛内。分开使用主要是为防止，眼睑皮肤上的细菌和微生物带到眼睛内，造成眼睛表面二次感染。
