阿莫西林是抗生素，常见的口腔溃疡没有感染，而且复发性口腔溃疡跟感染无关，所以不选用阿莫西林治疗口腔溃疡。最常见的复发性口腔溃疡，病因不是很清楚，认为与遗传有关，但是同时也与生活不规律、熬夜、大便干燥、不小心咬伤有关。所以通常以局部治疗为主，消炎止痛、促进溃疡愈合。局部选用的药物多数是糖皮质激素、生长因子、局部使用中药，包括抑菌作用的漱口水有时也会选用，如洗必泰、西帕依固龈液，都可以选用来治疗口腔溃疡。
阿莫西林属于抗生素，一般在口腔感染的情况下才能选用。一般的感染性口炎，特别是细菌感染性口炎，有时会选用阿莫西林来治疗，还有牙龈的炎症，并且在有细菌感染非常明确的情况下，才能够选用阿莫西林治疗。同时抗生素，一定是在医生的指导下才能使用。在临床上如果患者没有细菌感染的证据，通常不允许随便使用抗生素。因为滥用抗生素会给患者的菌群带来很大的变化，比如肠道菌群在口服抗生素之后，会发生很大的变化，有时很难完全恢复。
