性别认知障碍是一种心理问题，称为性别错位症，指一个人在心理上无法认同自己的生理性别，并为此产生的一系列错位症状。性别认同是一个人对自己生理性性别的自然认识，如果儿童从幼儿园起不能及时完成性别认同，在日后会出现不同程度的性别偏差行为，从而影响各方面的发育，甚至会影响自身的身心健康。
比如患者本身是男孩子，一直认为自己是女孩子，头发要扎辫子，衣服要穿花衣服，这种属于在生理上没有认同自己的性别，长大后可能会做变性手术。这种性别认知障碍和泰国人妖不同，人妖是男孩使用激素把自己变为女孩。而性别认知障碍指本身是女性，把自己当成男性，或本身是男性，把自己当成女性。
还有一种情况是家里人将女孩当成男孩养，这种情况不同于性别认知障碍，是将女性的性格男性化，使得女孩性格变得大大咧咧，外向阳刚，而有的男孩性格却像女孩一样。这些是家庭环境所带来的影响，与性别认知障碍不同。
