卵巢囊肿手术可分为开腹手术和腹腔镜手术，后者属于微创手术且疼痛程度较轻，患者通常可以耐受，而开腹手术相对而言疼痛较重。目前临床多见于腹腔镜手术，即便恶性肿瘤也可应用腹腔镜治疗，术中仅需在患者腹部留下数个小手术孔，且最大直径仅为1cm有余。术后患者可能出现腹部轻微疼痛感，但并不严重通常可以忍受。

此外，腹腔镜手术需在患者腹腔内注射二氧化碳气体使腹腔膨隆，术后患者可能会出现腹胀感，由于腹腔中气体刺激腹腔神经也可能产生症状，如刺激膈神经后可能出现肩部疼痛和不适，但均在患者承受范围。对于开腹手术如开腹行卵巢囊肿手术而言，由于创口较大导致患者腹部伤口愈合需较长时间，因此疼痛感相较于腹腔镜更为严重。但目前术后患者可应用止疼泵，明显减轻疼痛症状。