对于头痛的筛查，应首选CT检查，因为CT检查对于出血比较敏感。对于头疼患者，神经科最担心、最警惕的是高血压脑出血与蛛网膜下腔出血，这两种疾病在CT检查上，在早期可以显示的比较清楚。因为出血在CT检查上，CT值比较高，会呈现发白的高密度阴影，需要神经科紧急给予处理。因此对于头疼的患者，CT检查所用时间短，并且可以更好的显示出血，所以进行CT检查较好。
对于核磁，由于出血的时间不同，核磁表现较多样，所以会对出血的判断和评估造成困难。另外进行核磁检查的时间比较长，生命体征不平稳的患者，不适合进行核磁检查。曾植入起搏器、置换人工关节的患者，均为核磁检查的禁忌症，但是CT检查并没有上述问题，对于患者的要求并不是特别高，即使有起搏器和人工关节的患者也可以进行CT检测。因此对于头痛早期的筛查，CT是更好的选择。
