胰腺囊肿是良性疾病，不算很严重。但是胰腺囊肿可能会引起腹胀，可能出现瘤变，需要进行手术治疗，从这个角度看，胰腺囊肿也比较严重。胰腺囊肿不像肝脏囊肿和肾脏囊肿，胰腺是腹膜后器官，胰腺囊肿容易引起腹胀，而且会顶到腹膜引起腹痛，需要进行手术处理。

胰腺囊肿手术方法较多，可以给胰腺囊肿引流，可做内引流，需要将胰腺囊肿壁和胃或肠贯通，让胰腺中的囊液流到消化液里，随着消化液被吸收或排泄。部分胰腺囊肿，囊壁可能出现上皮性瘤变或肿瘤性病变，此时还需要做病理检查。如果是有上皮内瘤变，有肿瘤的可能性时，需要将包含囊肿的一部分进行切除。